home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00204 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  55 lines
  1. *****************************************
  2. * Amyloidogenic glycoprotein signatures *
  3. *****************************************
  4.  
  5. Amyloidogenic glycoprotein  (A4  protein or APP)  is an integral, glycosylated
  6. membrane brain  protein  [1,2].  A4  protein  is  associated  with Alzheimer's
  7. disease (AD). This responsibility stems from the fact that a small peptide (of
  8. 43 residues), called  the  amyloid beta protein, which is part of the sequence
  9. of A4,  is  the  major  constituent  of  amyloid  deposits in AD and in Down's
  10. syndrome. As  shown  in  the schematic representation below,  the amyloid beta
  11. protein both precedes and forms part of the unique transmembrane region of A4.
  12.  
  13.        +----------------------------------------xxxxxxx-------------+
  14.        |  Extracellular                         XXXXXXX Cytoplasmic |
  15.        +------------------------------------BBBBBBBBxxx-------------+
  16.  
  17. 'X': Transmembrane region.
  18. 'B': Position of the amyloid beta protein in A4.
  19.  
  20. The exact function of A4 protein  is not  yet known, but it has been suggested
  21. that it mediates cell-cell interactions.  The sequence  of  A4  from mammalian
  22. species is well conserved and is also similar to that of other proteins:
  23.  
  24.  - Drosophila APPL (gene vnd) [3].
  25.  - Mammalian protein APLP1 [4].
  26.  - Mammalian protein APLP2 (APPH) (YWK-II) (CDEI-binding protein) [5].
  27.  
  28. We have derived  two  patterns specific to these proteins,  the first one is a
  29. perfectly conserved octapeptide  located in the beginning of the extracellular
  30. domain; the second is a conserved octapeptide located at the C-terminal end of
  31. the cytoplasmic domain.
  32.  
  33. -Consensus pattern: G-[VT]-E-[FY]-V-C-C-P
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36.  
  37. -Consensus pattern: G-Y-E-N-P-T-Y-[KR]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  40.  
  41. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  42.  
  43. [ 1] Dyrks T., Weidemann A., Multhaup G., Salbaum J.M., Lemaire H.-G.,
  44.      Kang J., Muller-Hill B., Masters C.L., Beyreuther K.
  45.      EMBO J. 7:949-957(1988).
  46. [ 2] Ashall F., Goate A.M.
  47.      Trends Biochem. Sci. 19:42-45(1994).
  48. [ 3] Rosen D.R., Martin-Morris L., Luo L., White K.
  49.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86:2478-2482(1989).
  50. [ 4] Wasco W., Bupp K., Magendantz M., Gusella J.F., Tanzi R.E., Solomon F.
  51.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87:10758-10762(1992).
  52. [ 5] Sprecher C.A., Grant F.J., Grimm G., O'Hara P.J., Norris F.,
  53.      Norris K., Foster D.C.
  54.      Biochemistry 32:4481-4486(1993).
  55.